截至2013年底，新疆农民专业合作社已从2007年510个发展为12071个，合作社成员数43.66万户，带动非成员农户数79.6万户，合作专业联社13个。在合作社快速发展取得成效的同时,也存在组织管理不规范、合作社规模小、竞争实力弱、合作紧密性不强、人才缺乏，成员素质不高；农民合作社面广量大，融资难等问题，这在很大程度上制约着我区农民专业合作社的进一步发展。2014年9月，农业部、财政部等9部委联合发布《关于引导和促进农民合作社规范发展的意见》指出：“应把加强农民合作社规范化建设摆在更加突出的位置，采取切实有效措施，提高农民合作社发展质量”。为此建议：

　　1、整合政府涉农部门力量，积极为农民专业合作社服务。建议由自治区党委农办或自治区农经局等单位牵头，成立由农业、财政、工商、税务、金融、科研院所等多部门人员组成的合作社发展协调机构；制定切实可行的支持政策,包括税收优惠政策、金融优惠政策、技术支持政策等,解决合作社的资金、人才、技术、信息等实际困难。切实落实对合作社的支持政策，推动新疆合作社健康、稳步发展。

　　2、完善机制，规范程序。我区现行有关政策规定，县级以上农业行政主管部门对本行政区域内农民专业合作社的建设和发展主要履行指导、扶持、协调、服务的职能。这与农民专业合作社的快速发展不相适应，既束缚了各地农业行政主管部门的职能，也影响了农合组织的健康发展。因此，应赋予农业行政主管部门对农民专业合作社的监督和审查职能，对农民专业合作社的成立，应该由县级以上农业行政部门审查评定符合条件后，工商部门方可批准注册。

　　3、加强督导管理，促进合作社健康发展。要立足当前、着眼长远，以提高合作社服务能力和规范化建设为目的，建立对农民专业合作社监督检查的长效机制；加强对指导合作社的各项制度及章程的修订；联合部门进行执法检查，淘汰无序竞争的小合作社、以套取项目资金为目的假合作社以及冒合作社之名却无合作之实的套牌企业等，并进行治理整顿。对不按照合作社法运作的责令限期整改，对整改不合格的提请工商行政部门依法注销。自治区人大组织相关部门，开展《自治区实施<农民专业合作社法>办法》贯彻落实专项执法检查，督促有关部门进一步落实扶持政策、加大扶持力度，促进我区农民合作社健康发展。加强对合作社承担项目的实施情况、资金使用情况的检查与审计，对违规者严惩或注销资格，并追查相关责任人。

　　4、成立自治区合作社联合会。联合会主要整合各成员单位在人才、技术、营销、培训、传媒、研发和品牌等方面的优势力量，为合作社提供更广泛的产品联销、农资联购、资金互助、科技培训、管理咨询、组织协调等服务，为各地合作社提供交流、服务和成长等综合平台。可以通过建立网站、定期联席会议、年度论坛等方式，促进合作社之间的交流与合作。

　　5、鼓励成立联合社。着眼于提升农民专业合作社服务能力及市竞争力，积极引导并鼓励相对成熟的合作社，根据自愿、平等的原则组成联合社，进一步壮大合作社的整体实力。打破地域界限，以强带弱、以大并小的模式，实现强强联合，提高合作联社的整体实力，增强合作联社抵御市场风险能力，提升合作联社在市场的话语权，打造我区农民合作社的升级版，实现合作社由数量向质量的跨越。

　　6、加大人才培养力度。一是抓好专业培训。充分发挥农广校、职业院校等培训基地作用，重点抓好对合作社理事长、辅导员、会计、特别是少数民族农经干部的强化培训；农业厅将合作社培训列入阳光培训工程，培训直接由农经部门与财政局农财科对接，负责组织实施；同时，对基层辅导员的培训与工作经费也要列入计划。二是“走出去、请进来”。区分层次，组织合作社理事长到内地参观学习，邀请内地发展较好的合作社来疆考察、交流，介绍经验，互相探讨，共同提高。三是拓宽人才引进渠道。加强与大专院校的联系，积极引导和支持大学生村官到合作社工作。加强合作社能人的培养，同时也为村两委储备干部人才。